La historia de la Base Aérea Balmaceda se remonta al año 1946 con la designación del Teniente 2°(A) Eduardo Montero Concha como el encargado de dar inicio a la construcción de las primeras instalaciones y de la pista de aterrizaje del aeródromo bautizado “Leonor”, que posterior a la pavimentación de ésta, en el año 1970, es rebautizado como Aeródromo Balmaceda.
En el año 1948, y tras la desactivación de la Base Aérea de Temuco, el Comandante en Jefe de la IIIª Brigada Aérea, Comandante de Grupo (A) Luis Donoso, comienza el traslado de parte de sus instalaciones hacia la Base Aérea Balmaceda donde, con personal perteneciente al Grupo de Aviación N° 5 de Puerto Montt, la Fuerza Aérea de Chile crea la Escuadrilla N°5 Balmaceda el 1 de abril de 1949, designando como su primer Comandante al Teniente 2°(A) Eduardo Montero Concha.
La Unidad fue dotada en un principio con 80 funcionarios y un avión Beechcraft C-45 el que realizaba operaciones de vuelo en pro de la colonización de la Región de Aysén. Dentro de sus variadas operaciones de vuelo, la Unidad tenía la labor de abastecer con alimentos y medicamentos a las diferentes localidades de la zona, como también la de evacuar enfermos y/o heridos desde lugares donde solo el medio aéreo podía llegar.
El año 1972, la superioridad Institucional dispone la reducción de la Escuadrilla N°5 Balmaceda, quedando el personal necesario (18 funcionarios) para mantener, custodiar y operar las instalaciones y equipamiento existentes, enviando también su material de vuelo a otra unidad de la Fuerza Aérea de Chile.
El 6 de junio de 1980 se ordena la desactivación de la Escuadrilla N°5 Balmaceda dejando al Suboficial Mayor Julio Gatica Abet de la Torre como Comandante de la Base Aérea Balmaceda y encargado de la custodia de las instalaciones y de los elementos almacenados.
En la actualidad, la Base Aérea Balmaceda tiene como misión “proporcionar el apoyo operativo y de vida a los medios asignados, desplegados y/o en tránsito en su jurisdicción, como asimismo, custodiar y mantener las instalaciones y bienes con que cuenta la Unidad”. Su actual Comandante es el Suboficial Mayor Leonardo Pavez quien junto a su dotación compuesta por el Suboficial Carlos Salgado, el Sargento 1º Israel Reyes y el Cabo 2º Pablo Espinoza son los responsables de continuar escribiendo la historia de la Base Aérea Balmaceda y darle estricto cumplimiento a su misión en esta zona patagónica.